小型噴霧干燥機系統結構包括空氣加熱系統、供料系統、熱風分配系統、霧化和干燥系統、回收系統以及控制系統等。
加熱系統
工業性的噴霧干燥設備的空氣加熱形式很多，如蒸汽加熱、電加熱、導熱油加熱、燃煤熱風爐、燃氣熱風爐和燃油熱風爐等。實驗室用的噴霧干燥器由于 干燥所需空氣量很少，所以選用了電加熱，這樣使得設備更緊湊，溫度調控便利，而且所需的電耗也少。此外，為了滿足生化產品的衛生要求及工藝參數的可調性， 加熱系統則包括空氣過濾器、電加熱器和調壓加熱等控制裝置。
供料系統
工業性生產的噴霧干燥設備的供料系統一般采用螺桿泵加調節裝置。而微型噴霧干燥器選用醫用蠕動泵，可滿足小流量、可調節的要求。
熱風分配系統
工業性生產的噴霧干燥設備的熱風分配系統采用DAR型、DHS型或直通型，根據霧化方式進行選擇，通常對于噴嘴型式霧化的采用直通型熱風分配器。對于二流體噴嘴霧化方式 ,采用改進型直通型熱風分配器。
霧化系統
本系統包括空氣壓縮機、霧化器、壓縮空氣的流量調節等。霧化器包括壓力式、二流體及離心式三種。空氣壓縮機采用增氧泵型，流量調節用轉子流量計。
干燥系統
干燥系統主要指干燥室和相關的管路、控制等。干燥室采用耐熱玻璃作為干燥室直筒，便于觀察，且直觀性好，下部采用不銹鋼錐體連接，錐體角度不同于工業性生產的噴霧干燥設備的錐體 55°或60°，采用30°錐體以有利于干粉的卸落和增加yi定的干燥流程。在干燥室的進出口管道上裝有溫度檢測及顯示儀表。
在食品料滴表面形成的飽和蒸汽膜迅速進行蒸發，蒸發溫度近似等于干燥空氣的濕球溫度。所設計的干燥室可提供有效的料滴逗留時間，使料滴在不發生 熱降解的情況下被干燥。從噴霧干燥器排出的產品溫度近似等于25～30℃, 低于干燥空氣排出口的溫度。在蒸發階段,霧化形成的料滴分布也是可變的，主要取決于產品要求的外觀形狀。
回收系統
本系統包括旋風分離器、 增氧泵及產品收集器等。工業性生產噴霧干燥設備的回收系統一般有旋風分離器、 濕式洗滌器和袋濾器等。一般采用兩種方式進行物料的有效回收：兩處排出，即從干燥室底部和旋風分離器排出;一處排出, 即粉料與干燥空氣一起從干燥室排出再經旋風分離器回收。